در این میان عالی‌ترین مقام وزارت راه و شهرسازی و مدیران زیردست وی بارها تأکید کرده‌اند که عامل بروز سانحه برخورد قطارها خطای انسانی بوده است، اما هیچ سخنی درباره وجود ایرادات اساسی در سیستم کنترل اتوماتیک قطار به زبان نیاورده‌اند.
واقعیت آن است که بخش اعظمی از اخطارهای اعلام شده از سوی ATC غیرواقعی بوده، مسئله‌ای که باعث شده کوچکترین توجهی به اعلام خطاهای پیاپی این سیستم طی سال 94 و 95 توجه نشود. در این شرایط تلاش دولتی‌ها برای مقصر نشان دادن عامل انسانی به‌عنوان مسبب حادثه بسیار عجیب و قابل تأمل است. این احتمال وجود دارد در پشت‌پرده قراردادهای مربوط به سیستم ATC اتفاقاتی روی داده که دولتی‌ها تمایلی به افشای آن ندارند، موضوع مهمی که نهادهای نظارتی باید به آن ورود پیدا کنند.
به هر حال گزارشات دریافتی از تلفن‌گرام راه‌آهن نشان می‌دهد که سیستم ATC بارها سابقه خرابی داشته و گزارشات بسیاری از خرابی این سیستم که قرار بود حافظ جان مسافرین شود وجود دارد. برخی از این گزارشات نشان می‌دهد که این سیستم در طول یک روز بارها خطا داده و فاصله خطاهای سیستم به چند دقیقه از یکدیگر رسیده است.
گزارش تسنیم حاکی است، در چنین شرایطی اصرار بر این‌که خطای انسانی عامل اصلی بروز برخورد مرگبار دو قطار در سمنان شده سؤال‌برانگیز است.
