متن پیام تسلیت حجت الاسلام و المسلمین حسن روحانی به این شرح است:
بسم‌الله الرحمن الرحیم
انا لله و انا الیه راجعون
درگذشت اندوهبار مریم میرزاخانی، نابغه نامدار ریاضی ایران و جهان موجب تألم و تأثر فراوان شد.
درخشش بی نظیر این دانشمند خلاق و انسان متواضع که نام ایران را در مجامع علمی جهانی طنین انداز کرد، نقطه عطفی در معرفی همت والای زنان و جوانان ایرانی در مسیر کسب قله های افتخار و عرصه های گوناگون بین المللی بود.
اینجانب ضمن ارج نهادن به خدمات علمی و آثار ماندگار این فرزند فرهیخته ایران، مصیبت وارده را به جامعه علمی کشور و خانواده محترم آن عزیز از دست رفته، صمیمانه تسلیت می گویم و از درگاه خداوند متعال برای ایشان رحمت الهی و برای عموم بازماندگان صبر و اجر مسألت دارم.
حسن روحانی
رییس جمهوری اسلامی ایران