در روز دوم تير ۱۲۸۷ ساختمان مجلس شوراي ملي توسط قزاقان مسلح روس به فرماندهي کلنل لياخوف با توپخانه هدف حمله قرار گرفت و آسيب ديد.
عمر مجلس اول کمتر از دو سال بود و بيشتر وقت آن صرف حلوفصل اختلافات جزئي شد. پايان آن نيز ثمرهاي خوش براي هيچيک از گروههاي درگير و مردم بههمراه نداشت. بدگمانيها، تهمتزدنها، سوءرفتارها و... از زمان صدور فرمان مشروطه تا بهتوپبستن مجلس، همه راههاي مسالمتآميز رسيدن به تفاهم را به مرور مسدود کرد.
اين حادثه در دومين سال سلطنت محمدعليشاه قاجار و درشرايطيکه مجلس شوراي ملي، اولين دوره تجربه قانونگذاري را پشت سر ميگذاشت، اتفاق افتاد. حادثه بهتوپبستن مجلس که از خشنترين مقاطع حوادث عصر مشروطه بود، نقطه اوج درگيري نظام استبدادي قاجار با مردم بود. اين حادثه در دومين هفته رئيسالوزرايي ميرزااحمدخان مشيرالسلطنه و درشرايطيکه محمدعليشاه با راهنمايي نظاميان روس، نقاط مختلف تهران را به ستاد عملياتي خود عليه مشروطهخواهان تبديل کرده بود، رخ داد. محمدعليشاه که از زمان مرگ پدرش (مظفرالدينشاه) مايل به هيچگونه سازش و مماشات با رهبران نهضت مشروطه نبود، عملا روبهروي مردم، مشروطهخواهان و نمايندگان مجلس قرار گرفت. محمدعليشاه برخلاف تظاهري که در عهد صدارت عينالدوله به علاقهمندي به مشروطه داشت، از همان آغاز سلطنت به مخالفت با مجلس پرداخت. در مراسم تاجگذاري خويش مجلسيان را دعوت نکرد و وزرای خود را هم به مخالفت و بياعتنايي به مجلس، تکليف يا تشويق کرد و اساس دارالشوري و عدالتخانه دچار تزلزل شد، بااينحال، تأسيس انجمنهاي ايالتي و ولايتي در تهران و سراسر کشور در سال ۱۳۲۴ بهتدريج موجب رفع تزلزل از مجلس شد و غوغايي که در دفاع از مشروطه در تبريز بر پا شد، درباريان را از ادامه مخالفت با مجلس ترساند. شاه هم ناچار دستخطي مبنيبر تأييد و قبول مشروطيت صادر کرد. بالاخره مجلس نيز متمم قانون اساسي را در ۱۰۷ ماده که درواقع تکمله اساس مشروطيت بود تهيه و تصويب کرد و اينگونه اصل تفکيک قواي سهگانه مملکت که تأسيس عدالتخانه بدون آن غيرممکن يا بيفايده بود، بهوسيله مجلس اول به تصويب رسيد.
بر اثر اقدامات مجلس، ملوکالطوايفي برافتاد و مستمريهاي گزاف و بيقاعده شاهزادگان و اعيان قطع شد. مجلس، بودجه کشور را اصلاح و تعديل کرد، بانک ملي بهوجود آورد، مستمريهاي نزديکان شاه را محدود کرد و حتي براي خود شاه، مستمري متناسب تعيين کرد. اين کار، خشم و مخالفت شاه را نسبت به مجلس شديدتر کرد. در اسفند ۱۲۸۶ گروهي با کمين در مسير حرکت شاه و پرتاب بمب به سوي اتومبيلش موجب تعميق و تشديد اختلافات شدند و شاه از ترس اتفاقي مشابه، خود را در قصرش محبوس کرد و بدگمانياش افزون شد. مجلس بهجاي رفع بدگمانيهاي شاه با سنگاندازي در راه دستگيري سوءقصدکنندگان، فضا را مسمومتر کرد. محمدعليشاه خواهان دستگيري بمباندازها بود. او در دستخطي به مجلس از بيعملي آنها در دستگيري مقصران شکايت کرد. در چنين شرايطي انجمنها بهصورت علني، اعضايشان را مسلح کرده و به آنها مشق نظامي ميدادند و ازسويديگر فشار بيشتري بر شاه وارد ميکردند. در ۱۱ خرداد ۸۷، گروهي به سرکردگي علاءالدوله در خانه عضدالملک گردهم آمدند و خواهان تبعيد 6 نفر از درباريان ازجمله حسين پاشاخان امير بهادر شدند. محمدعلي شاه ناچار با برکناري و تبعيد آنها موافقت کرد. او که مدت زيادي از ترورش نگذشته بود، تبعيد امير بهادر (رئيس کشيکخانه) را که مسئول حفظ جان شاه بود حمل بر نقشهاي ديگر براي ترور خود کرد. چند روز قبل از عزيمت شاه به باغشاه، اعلاناتي به ديوارها چسباندند به اين مضمون که به شاه امر شده بود در تمام مدت جلسات مجلس از شهر خارج نشود. روز ۱۴ خرداد درهاي قصر باز شد. عدهاي سرباز سيلاخوري با هياهو بيرون آمدند. شاه با کالسکهاش که در محاصره قزاقها بود چهار نعل خارج شد و به باغشاه رفت. اين طرز حرکت، موجي از نگراني در شهر ايجاد کرد و متعاقب آن، بازارها تعطيل شد.
محمدعليشاه پس از استقرار در باغشاه در نامهاي به مجلس اظهار کرد که براي استراحت از شهر خارج شده و جاي نگراني نيست و مجلس در نامه شديداللحني به او جواب داد خروج ناگهاني شاه، خلاف اراده ملت و تهديد آزادي و امنيت است. از همان هنگام اعضاي مسلح انجمنها به مجلس رفتند و در مجلس و مسجد سپهسالار سنگر گرفتند. محمدعليشاه، عضدالملک را همراه عدهاي ديگر از رجال به باغشاه احضار کرد و هنگام خروج آنها جلالالدوله، علاءالدوله و سردار منصور را توقيف کرد و دستور تبعيد آنها را داد. بعد از استقرار شاه در باغشاه درحاليکه او هنوز مدعي بود به قانون اساسي ملتزم است و خواهان رسيدن به توافق با مجلس شورا بود، از تبريز، رشت، قزوين و شيراز، انجمنها تلگرافهايي مخابره کردند و خواهان خلع محمدعليشاه از سلطنت شدند. شاه در ۱۸ خرداد در پيامي مکتوب به مجلس اعلام کرد که آزادي ملت را محترم ميشمارد و براي حفظ نظم و امنيت، بعضي از مفسدان را گرفتار کرده و بعضي ديگر را دستگير خواهد کرد. در بازارها جار زدند که هر کسي دکانش را ببندد، آن را غارت خواهند کرد.
در ۲۱ خرداد، شاه از مجلس خواست ۱۱ نفر را تبعيد کند، قانون مطبوعات را جاري سازد، نظامنامهاي براي انجمنها تدوين شود که آنها را از مداخله در امور اجرايي منع کند و حمل اسلحه ممنوع شود. مجلس به شاه پاسخ داد که تبعيد اشخاص قبل از محاکمه و ثبوت جرم، خلاف قانون اساسي است. منع حمل اسلحه هم بعد از برقراري امنيت اشکالي ندارد و با ساير مطالبات شاه موافقت کرد. مجلس، تبعيد اشخاص را بدون محاکمه، خلاف قانون اساسي اعلام ميکند، درحاليکه چند روز قبل از آن شاه را براي تبعيد اطرافيانش بدون محاکمه تحت فشار گذاشته بود.
راههاي توافق هر چه بيشتر مسدود ميشد. انجمنهاي مسلح، اطراف مجلس را گرفته و شاه را به خلع از سلطنت تهديد ميکردند. تبريز و شيراز مدعي شدند اردويي نظامي را عازم تهران خواهند کرد تا شاه را معزول کنند. محمدعليشاه در تهران حکومتنظامي اعلام کرد و قزاقها مردم مسلح را خلعسلاح کردند. شاه تهديد کرد که اگر انجمنها اطراف مجلس را تخليه نکنند، مجلس را به توپ خواهد بست. نمايندگان مجلس از انجمنها خواستند از اطراف مجلس پراکنده شوند. حدود ۱۸۰ انجمن بهطور ناگهاني به تحصن خود در مدرسه سپهسالار خاتمه داده و متفرق شدند. ۲۵ خرداد چهار عراده توپ از ميدان توپخانه به باغشاه منتقل شد. در همين روز ميرزا سليمانخان، مدير انجمن برادران قزوين را به جرم دادن تفنگ به مجلس شورا دستگير و به باغشاه بردند. در شهر شايع شد مجاهدين قزوين و رشت عازم تهران هستند. مجلس در ۲۹ خرداد از اعضای انجمنها خواست بدون سلاح در مدرسه سپهسالار جمع شوند و خبرنگار تايمز همان روز گزارش داد که هزار نفر نيروي مسلح ملي اطراف مجلس جمع شدهاند و اعلانات هيجانآميز منتشر و رفتار شاه را تقبيح و تکذيب کردهاند.
روز ۳۱ خرداد قزاقها در گرفتن اسلحه از مردم جديت بيشتري به خرج دادند و مجلس تهديد کرد که اگر تا فردا اوضاع اصلاح نشود، مجلس عالي تشکيل خواهيم داد و تکليف مردم را روشن ميکنيم. مجلس همچنين در تلگرافي به انجمنهاي ولايات خواست که اگر قشون دولتي بخواهد به هر جا حرکت کند، ممانعت کنند و ماليات نپردازند. اول تير، شاه وزرا را به مجلس فرستاد و خواهان تسليم اشخاصي شد که متهم به ايجاد هرجومرج بودند اما مجلس وزرا را به باد حمله گرفت و خواهان استعفاي آنها شد. روز دوم تير قزاقها به فرماندهي کلنل لياخوف، مجلس و مدرسه سپهسالار را محاصره کردند؛ در اين روز اعضاي انجمنها که در مسجد سپهسالار و خانه ظلالسلطان سنگر گرفته بودند، به دستور آيتالله سيدعبدالله بهبهاني به سوي نيروي قزاق تيراندازي کردند و تعدادي از آنها را به قتل رساندند. در مراحل اول، قزاقها تير هوايي يا مشقي شليک کردند، آنها اجازه تيراندازي نداشتند. قزاقها چند توپ باروتي بدون گلوله شليک ميکنند. انجمنها تيراندازي را شدت ميدهند و بهسمت قزاقها بمب هم پرتاب ميکنند و باز هم عدهاي ديگر از آنها را ميکشند.
سرانجام به قزاقها دستور شليک داده ميشود. آنها با توپ به خانه ظلالسلطان که مقر اصلي انجمن آذربايجان است، حمله ميکنند و مجاهدين را فراري ميدهند. بهسرعت اوضاع به نفع اردوي محمدعليشاه تغيير ميکند. اعضاي انجمنها و نمايندگان مجلس ميگريزند و قزاقها مجلس و مسجد سپهسالار را تصرف ميکنند. اين درگيري که در ساعات ظهر فروکش کرد، ۳۰۰ کشته و ۵۰۰ زخمي بر جاي گذاشت. عده زيادي دستگير و به باغشاه اعزام ميشوند ازجمله آيتالله طباطبايي و آيتالله بهبهاني که به شکلي موهن دستگير ميشوند اما پس از رسيدن به باغشاه، محمدعليشاه موقعيت مناسبي براي آنها فراهم ميکند. عدهاي ديگر از وکلاي مجلس همچون تقيزاده به سفارت انگليس پناهنده ميشوند. عدهاي مثل ميرزاابراهيم آقاوکيلتبريزي کشته شدند و بعضي مثل ميرزاجهانگيرخان شيرازي، مدير جريده معروف «صوراسرافيل» و ملکالمتکلمين، واعظ معروف مشروطهخواه گرفتار شدند و به امر شاه در باغشاه به قتل رسيدند. حادثه دوم تير سبب انحلال مجلس اول و بههمريختن اوضاع تهران شد ولي قيامهايي در تبريز، گيلان، اصفهان، مشهد و نقاط ديگر رخ داد. بااينهمه، استبداد صغير دوامي نداشت و در کمتر از يک سال عمر حکومت محمدعليشاه قاجار به پايان رسيد. روز ۲۵ تير ۱۲۸۸ تهران به تصرف مخالفان محمدعليشاه درآمد و درپي اين واقعه، شاه به اتفاق اعضاي خانواده و صدها قزاق مسلح به باغ سفارت روسيه در زرگنده پناهنده شد و شوراي ۲۲ نفرهاي که بعدها تشکيل شد، محمدعليشاه را از سلطنت خلع کرد.